El hecho trascendental que para Cartagena supuso la designación como base estratégica impulsó una gran transformación urbana en el siglo XVIII. El crecimiento económico y el desarrollo de una industria vinculada al Arsenal provocaron un flujo incesante de personas hacia una ciudad en plena expansión que llegó a duplicar su población en apenas treinta años. En 1750 eran 5.200 los hombres ocupados en el Arsenal entre artesanos, obreros, peones y aprendices, de los que casi 3.000 eran esclavos y forzados. El día del presidiario transcurría en tierra ocupado en los trabajos asignados en cumplimiento de sus castigos. Por la noche ocupaba las destartaladas galeras retiradas ya del servicio naval y fondeadas en el puerto. El hundimiento de una de estas galeras por su pésimo estado de conservación propició finalmente que, por decisión real, se construyera un edificio para recluir a todos los presos.

Comienza así la etapa más oscura de la historia del Cuartel de Presidiarios y Esclavos, luego Prisión de Penas Aflictivas y Cárcel Militar de Marina, y que a partir de 1946 pasó a ser Cuartel de Instrucción de Marinería, función que desempeñó hasta 1998.

Desde 2009 es Facultad de Ciencias de la Empresa de la UPCT y Museo Naval. El viejo edificio negro y denostado ha mutado a blanco y amable. La luz invade las salas. El aire putrefacto se ha depurado, y es fresco y transparente. El edificio construido para doblegar y humillar al hombre en cautiverio ha sido modificado para educarlo en libertad.

Con la eliminación del revestimiento exterior de los muros se recupera la textura de piedra original. La nueva cubierta a dos aguas reemplaza a la perdida en un incendio en 1946. Las circulaciones, aseos e instalaciones se ubican en los martillos o cuerpos saledizos, para extraer del edificio nodriza toda servidumbre, aprovechando al máximo el espacio útil entre los muros de piedra. La instalación de toldos en el patio permite, finalmente, que su espacio no sea inhóspito en los meses de calor.