Sobre uno de los enclaves más elevados de la meseta fundacional de Pamplona, Sancho el Sabio mandó levantar en el siglo XII el Palacio de los Reyes de Navarra, visible en el perfil de una ciudad cuyo contorno se define por medio de la mura-lla y los baluartes defensivos sobre los meandros del Arga. De la antigua construcción sólo quedaban en pie las crujías norte y poniente, que se recuperan y amplían con obra de nueva planta para alojar el Archivo General y Real de Navarra.

La distinción que el programa establecía entre áreas de servicio por un lado y de archivo por otro se ha hecho coincidir con la realidad física del proyecto, de manera que la antigua fábrica aloja las actividades académico-administrativas y la nueva construcción, cámaras-archivo. El acceso al edificio —a través de la que en su día fue puerta de entrada en el muro sur—, coloca al visitante en la zona restaurada, configurada por las alas norte y poniente con el claustro que las sirve. El ala norte —con una sala abovedada protogótica prácticamente intacta— alberga una sala de lectura, despachos y salas de reuniones, mientras que en el ala poniente se ubican el salón de actos y una biblioteca para uso de los investigadores. 

En lo alto de la meseta fundacional de Pamplona, la vieja y la nueva construcción forman un conjunto, definiendo el perfil de la ciudad con el mismo carácter de recinto autónomo que poseyó el primitivo Palacio.

Los dos elementos cuya configuración arquitectónica se ha podido mantener son la sala abovedada y el claustro. La primera, destinada a exposiciones temporales, está flanqueada hacia el norte por un patio rehundido que la protege del exterior. El claustro, con todas las pilastras que se habían conservado y con un cuidadoso tratamiento en la jardinería y el pavimento, se ha acristalado con un muro cortina aliviado por una estructura de acero inoxidable. Las otras fábricas resultaban inservibles, de forma que se optó por mantener los restos subrayando sus contornos entre la nueva mampostería de piedra, próxima a la que fue.

Elemento de transición entre la torre del archivo y las dos alas del Palacio, el claustro ha conservado intactas sus pilastras: junto a ellas aparece un muro cortina que permite satisfacer las exigencias de luz de las nuevas salas.

Este tratamiento de lo existente contrasta enérgicamente con la obra nueva, de muros de hormigón armado y aplacado de piedra, que ocupa el ángulo sureste. Con sus once plantas, la torre de almacenaje o ‘nueva torre del homenaje’, emerge fragmentada en tres piezas que evitan los problemas que pueden derivarse de la excesiva concentración de documentos: se ha escogido un módulo de 20 x 8 metros que permite almacenarlos mediante un sistema de estanterías móviles. Los tres cuerpos cámaras-archivo se disponen en torno a un patio central con lucernario y de planta casi cuadrada, confiando la conexión entre ellos a una rampa que discurre por el interior, y el enlace con el claustro al bloque de comunicaciones verticales.

En las dos alas del Palacio se acomodan las aulas de lectura, el salón de actos y la biblioteca de investigadores (arriba).  La sala protogótica (abajo), se ha restaurado para alojar en ella exposiciones temporales.En el ángulo sureste y para evitar problemas de masificación de archivos, la torre de almacenaje se fragmenta en tres piezas, confiando la conexión entre ellas a la rampa que discurre por el interior de un patio cubierto.