El estudio mexicano Colectivo C733 —Carlos Facio, Eric Valdez, Israel Espín, Gabriela Carrillo y José Amozurrutia— ha sido el encargado de diseñar el Ecoparque Bacalar, que se extiende con 1.900 metros cuadrados en un área de 70.000 metros cuadrados. El propósito principal es reducir el programa solicitado, minimizando el impacto en un entorno natural de incalculable valor.

La laguna de Bacalar alberga el arrecife de microbialitas de agua dulce más grande del mundo. Estas estructuras semejantes a rocas, formadas por miles de microbios, tienen un rango de edad que va desde algunas décadas a más de 9.000 años, según Luisa Falcón, ecóloga microbiana de la Universidad Nacional Autónoma de México en Mérida. La parte viva de la microbialita, los estromatolitos, tienen aproximadamente a 3.500 millones de años.

Construido con madera local, un muelle cuadrado con altura variable conduce a los visitantes por un recorrido que se desliza sobre el agua y se eleva para no tocar el amenazado manglar. Este eficiente sistema estructural funciona como columna, viga y cimiento al mismo tiempo, e incorpora una línea de tiempo tallada en la madera para concienciar sobre la biodiversidad única del sitio.