Localizado a escasa distancia del cementerio en el que está enterrado Paul Klee y a pocos kilómetros de la ciudad de Berna, este museo se ha levantado en homenaje al artista suizo y su trabajo. El entorno ofrece un paisaje de suaves colinas enmarcadas por los Alpes al fondo, y es en esta topografía calmada donde el nuevo edificio se integra, tomando la forma de una serie de grandes ondas que se elevan y caen para modelar tres volúmenes consecutivos. En ellos se guarda la colección más importante de su obra, compuesta de cuatro mil piezas, en su mayoría dibujos.

Como si se tratase de la arcilla que trabaja el escultor, el edificio se ha modelado y se ha convertido en topografía. Esta vocación de integrarse en el paisaje sin perturbar su tranquilidad deriva de la interpretación del trabajo del propio Klee, esencialmente silencioso y sosegado. Bajo la ondulante cubierta el primero de los volúmenes contiene un auditorio con capacidad para 300 personas y un museo dedicado al público infantil; el segundo da cabida a los espacios de exposición (el principal se encuentra sobre rasante y el correspondiente a las exposiciones temporales se sitúa en el sótano); y el tercero alberga un centro de estudios donde se guardan las obras que, debido a problemas de conservación, no se pueden exponer y son accesibles únicamente para los especialistas e investigadores.

El entorno no sólo inspira esa forma de integración mimética, sino que además produce en planta una leve curvatura, que viene dictada por la presencia cercana de una autopista. El edificio acompaña así el recorrido de los coches, insistiendo en su modelado orgánico, y organiza sus circulaciones en paralelo, mediante una ligera pasarela pública suspendida que atraviesa las tres ‘colinas’ artificiales en la parte más elevada del conjunto y mediante un recorrido de servicio que comunica los tres volúmenes en su parte subterránea.

Las vigas de acero que dan su singular forma al edificio se cortaron con máquinas controladas por ordenador, ya que cada una de las secciones es diferente. La inclinación de los arcos es ligera y variable; estos arcos utilizan unos arriostramientos que los unen a los forjados y a la cubierta metálica. Tan elaborada configuración formal se consigue con piezas de acero, pero está inspirada en los antiguos métodos de construcción de embarcaciones. Debido a la necesidad de proteger las obras de Klee de la luz solar, el museo carece de los complejos sistemas de iluminación cenital característicos de edificios anteriores y confía en el gran paño acristalado de la fachada oeste para iluminar el interior.