Rodeado por importantes edificios históricos, entre los que destaca la cercana Basílica de Santa Maria della Salute, el antiguo edificio de las aduanas fue construido en el siglo xvii por el arquitecto Giuseppe Benoni a la entrada del Gran Canal de Venecia, sobre un solar triangular en la orilla opuesta de la Plaza de San Marcos. En 2006 y tras experimentar numerosas transformaciones, las autoridades de Venecia decidieron poner en marcha un concurso para la rehabilitación de la Dogana di Mare como centro de arte contemporáneo. La propuesta presentada conjuntamente por el estudio de arquitectura de Tadao Ando y la Fundación François Pinault —que ya contaba con un espacio de exposiciones en el cercano Palacio Grassi, también restaurado por el estudio japonés en 2005—, resultó ganadora sobre el otro proyecto finalista, a cargo del estudio de Zaha Hadid en colaboración con la Fundación Solomon R. Guggenheim. 

El edificio cuenta con una superficie total de 5.000 metros cuadrados y posee una estructura simple y racional. Su volumen triangular, cuyo prominente vértice exento está ocupado por una puerta conmemorativa de 28 metros de altura rematada por un grupo escultórico de bronce, se corresponde de manera directa con la planta del solar, situado en el extremo sur de la isla de Dorsoduro. En el interior, el conjunto se divide en ocho rectángulos paralelos delimitados por muros de carga. Las particiones preexistentes añadidas en épocas posteriores fueron eliminadas, recuperando así la configuración espacial original. También se decidió hacer visibles los muros de ladrillo originales y la cubierta de cerchas de madera, que ha sido totalmente restaurada, introduciendo nuevos lucernarios que bañan con una escenográfica luz cenital los texturados muros cerámicos. Sí se ha mantenido, por el contrario, un espacio cuadrado en el centro de la planta resultante de una renovación anterior, integrándolo en una nueva caja de hormigón pulido que crea un ámbito propicio para el recogimiento. Los muros exteriores de ladrillo también han sido cuidadosamente restaurados, con los vidrios y carpinterías de sus veinte huecos monumentales completamente renovados y protegidos por celosías metálicas. 

El proyecto no pretende en ningún momento ocultar las nuevas particiones, escaleras, pasillos e instalaciones dentro la antigua estructura. El objetivo es, por el contrario, generar un juego de yuxtaposiciones en el que los nuevos volúmenes y niveles pongan en evidencia el paso del tiempo y sus estratos, haciendo de la historia de la Dogana una parte esencial de la exposición...[+][+]