El Parador de Alcalá de Henares ocupa un magnífico edificio del siglo XVII: el antiguo Colegio-Convento de Dominicos de Santo Tomás, que junto a la Hostería del Estudiante —situada en el antiguo Colegio Menor de San Jerónimo— y el Patio Trilingüe de la Universidad de Alcalá de Henares, forman parte del conjunto monumental de la ciudad complutense considerado Patrimonio de la Humanidad en 1998. El conjunto monacal está formado por la iglesia y un claustro adosado a ella siguiendo la traza y el esquema tradicional de la arquitectura conventual española. Contiguo a la edificación y ocupando todo el solar existe un amplio espacio delimitado por una tapia perimetral que protegía la antigua huerta y el jardín.

La obra persigue revitalizar el edificio claustral y recuperar el espacio ajardinado. Para ello, el hotel del nuevo parador se ha construido bajo el extenso jardín, perforando y tallando múltiples patios que generan una interesante variedad de áreas abiertas entre las habitaciones. Éstas se ocultan bajo la antigua huerta, con lo que se ha mantenido la altura de la tapia original respetando el contexto histórico y los edificios colindantes.

Con la idea de restaurar el edificio medieval, se han realizado distintas actuaciones puntuales para resolver patologías propias de la construcción, al mismo tiempo que se han levantado nuevas piezas que ayudan a compactar el desmembrado conjunto de edificios. Así, el antiguo claustro se ha recuperado cerrando sus arcadas con carpinterías de madera retranqueadas respecto al frente de sillares de piedra. Por su parte, la deteriorada escalera que conectaba las dos plantas del claustro se ha actualizado gracias a la construcción de un volumen metálico de color negro de forma cúbica que imprime un nuevo carácter a todo el espacio.

Además, la necesidad de destinar gran cantidad de la superficie del programa a los salones y comedores ha llevado a duplicar el actual claustro con otro análogo contiguo. Este nuevo espacio dispone de unos frentes metálicos realizados con celosías de malla de acero que actúan como filtros con el exterior. Gracias a él se ha generado una secuencia de tres grandes ámbitos con dos claustros intermedios que pueden ser utilizados en determinadas épocas del año como ampliación de las mencionadas estancias. Finalmente, en la fachada trasera se ha dispuesto una nueva envolvente de carácter neutro, empleando unas celosías metálicas alojadas en la cara interior de las habitaciones para matizar el paso de la luz natural, lograr cierta intimidad y a la vez, permitir las vistas del jardín.