El antiguo conjunto con hospital e iglesia junto a la muralla de Pamplona se recupera con un lenguaje de trazas aristadas y acabados lisos de pizarra, azulejo, hormigón y vidrio, que se distancia de la fábrica existente. La decisión de mayor peso es insertar un elemento capaz de asumir la nueva condición pública del edificio, que se materializa en el generoso vestíbulo que ocupa el patio central, un volumen de fachada recta y pared interior curva donde se recortan los huecos de acceso a los distintos itinerarios y servicios. El subsuelo también se excava para obtener nuevos espacios de exhibición y almacenamiento, y se traza un puente de ampliación futura en forma de galería situada en el plano de la fachada principal. Superpuesto al circuito dictado por la propia arquitectura, el recorrido museográfico es cronológico y ascendente.