El museo nace con la premisa de ser un centro científico de referencia donde confluyen las preocupaciones medioambientales, sociales, culturales y económicas del ecosistema mexicano, así como un lugar que motive a las comunidades locales a conservar la biodiversidad de su entorno. El diseño se centra así en convertir el edificio en ese lugar de encuentro a través de una serie de patios peatonales encadenados que acogen a los visitantes y los invitan al diálogo. A lo largo de este recorrido y a pie de calle se encuentran las zonas de libre acceso con exposiciones, comercios, jardines u oficinas y, según se sube en altura, las zonas más reservadas de exposiciones y sus vistas al paisaje acompañan al visitante hasta la azotea. Los programas educativos del edificio están descentralizados y se espolvorean por los distintos ambientes que se crean en el museo. Los patios tienen además una función energética ya que permiten la ventilación cruzada en las salas superiores y ejercen de chimeneas pasivas que expulsan el aire caliente del edificio. El uso de paneles solares y sistemas de reciclaje de agua colaboran en estos esfuerzos por optimizar la eficiencia energética y obtener la certificación LEED Platinum. El uso de la piedra local, de gran inercia térmica, contribuye a la integración del edificio en su entorno.